Neden ona BA.2.12.1 diyoruz? Karışık Omicron ailesine bir rehber


SARS araştırmacıları-CoV-2 koronavirüsünün yeni bir varyantını adlandırmadan önce, virüsün soy ağacında yeni bir soyu temsil edip etmediğini değerlendirin.Kredi: Ulusal Sağlık/Bilim Enstitüleri Fotoğraf Kütüphanesi

Öngörülebilir bir gelecek için, koronavirüs SARS-CoV-2, enfeksiyon dalgalarına yol açan yeni varyantlara dönüşmeye devam edecek. 2020 ve 2021’de Dünya Sağlık Örgütü (WHO), Yunan alfabesinden isimler vererek endişe verici varyantların ortaya çıktığını duyurdu. Ancak bu yıl, Omicron ailesinin üyeleri – alt varyantlar – insanların önceki enfeksiyonlardan ve aşılardan ürettikleri antikorlardan kaçarken artışları körükleyerek spot ışığında kaldı. Örneğin, Omicron alt değişkeni BA.2.12.1, Kuzey Amerika’da zemin kazanıyor ve şu anda GISAID veri girişimine sunulan SARS-CoV-2 genomlarının yaklaşık %26’sını oluşturuyor ve BA.4 ve BA.5 hızla yayılıyor. Güney Afrika’da, dizilenen genomların %90’ından fazlasını içerir.

Alt değişkenlerin artan baskınlığı göz önüne alındığında, Doğa Araştırmacılarla, mevcut hantal isimleri anlamak ve DSÖ’nün neden politika yapıcıları daha güçlü adımlar atmaya teşvik edebilecek Yunan takma adları vermediğini öğrenmek için konuştu.

Bilim adamları ilk önce bir varyantı nasıl tanımlar?

SARS-CoV-2, hücrelerde çoğaldıkça mutasyonlar kazanır. Teknik olarak bu, muhtemelen her gün milyonlarca varyantın ortaya çıktığı anlamına gelir. Ancak mutasyonların çoğu, virüsün hayatta kalma ve üreme yeteneğini geliştirmez ve bu nedenle bu varyantlar zamanla kaybolur – daha uygun versiyonlar tarafından rekabet edilir.

Bununla birlikte, varyantların küçük bir kısmı çekiş kazanıyor. Bu olduğunda, farklı genomik gözetim bayrak örneklerine sahip araştırmacıların hepsi aynı genomik mutasyonlara sahiptir. Bu örneklerin SARS-CoV-2 aile ağacında yeni bir dal oluşturup oluşturmadığını öğrenmek için virüs için isimlendirme sistemleri kurmuş biyoinformatikçilerle iletişime geçiyorlar. Pango adlı popüler bir grup, örneklerin dizilerini filogenetik yazılım kullanarak yüzlerce başka örnekle karşılaştıran yaklaşık iki düzine evrimsel biyolog ve biyoinformatikten oluşur.

Grubun adı, ilk olarak Birleşik Krallık’taki Edinburgh Üniversitesi’nde biyoinformatikçi Áine O’Toole tarafından oluşturulan Pangolin adlı bir yazılım programından gelmektedir. Analiz, yeni örneklerin aynı yakın ortak atadan türetildiğini öne sürüyorsa, bu onların koronavirüs ağacında ayrı bir soy olduğu anlamına gelir. Pango, soyu adlandırıp adlandırmayacağını belirlerken, varyantların zaman içinde daha sık ortaya çıkıp çıkmadığını ve mutasyonlarının virüsün ona rekabet avantajı sağlayabilecek bölgelerinde olup olmadığını değerlendirir. Bu noktada, bir soy etiketi riski göstermez. Bunun yerine, bilim adamlarının bir varyanta göz kulak olmalarına ve daha fazlasını öğrenmelerine olanak tanır.

Edinburgh Üniversitesi’nden evrimsel biyolog Andrew Rambaut, “Erken bir aşamada önümüze çıkan her şeyi tanımlayıp izleyebilmek ve diğer soylara göre hızla büyüyüp gelişmediğini görmek için isimlendirmek istiyoruz” diyor. ve Pango’nun bir üyesi. “Adını verdiğimiz soyların çoğunu muhtemelen duymayacaksınız” diyor çünkü SARS-CoV-2’nin diğer sürümleriyle rekabet edemediler ve ortadan kayboldular.

Varyantlar nasıl adlandırılır?

Bir varyantı adlandırırken, Pango komitesi varyantın evrimsel geçmişini ve diğerlerine göre ne zaman tespit edildiğini gösteren hiyerarşik bir sistem kullanır. Addaki ilk harfler, Pango soya bir etiket verdiğinde, A’dan Z’ye, ardından AA’dan AZ’ye, BA’dan BZ’ye vb. bir diziyi takip ederek bunu yansıtır. Bir nokta ile ayrılan sonraki sayılar, o soydan dalların sırasını gösterir. Örneğin, BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 ve BA.5, orijinal bir Omicron atasından gelen ilk beş daldır. Ve BA.2.12.1, BA.2’den ayrılan 12. soy ve ardından bu 12. çalı üzerindeki ilk adlandırılmış daldır. Tüm alt değişkenler değişkenlerdir, ancak araştırmacılar eski terimi, soyların Omicron gibi daha büyük bir gruplamaya ait olduğunu ima etmek istediklerinde kullanırlar.

Bir varyant bağışıklık sisteminden dolaşımdaki diğerlerinden çok daha etkili bir şekilde kaçıyorsa, daha şiddetli hastalığa neden oluyorsa veya çok daha bulaşıcıysa, DSÖ onu bir ‘kaygı varyantı’ olarak belirleyebilir ve adını Yunanca bir harfle değiştirebilir. Örneğin, geçen yıl B.1.1.529 olarak etiketlenen bir varyanttaki ilgili çoklu mutasyonlar ve hızlı yükselişi, DSÖ’nün Kasım 2021’de adını Omicron olarak değiştirmesine neden oldu. Oysa Pango’nun teknik adları, araştırmacıların SARS’ı izlemesine yardımcı olmayı amaçlıyor. -CoV-2 evrimi, DSÖ’nün sistemi, halkla iletişim kolaylığına öncelik vermektedir.

BİR VİRÜsin EVRİMİ.  WHO'ya göre 5 SARS-CoV-2 endişe verici varyantının gelişimini gösteren grafik.

Kaynak: GISAID

Tüm bu değişkenler göz önüne alındığında, SARS-CoV-2 diğer virüslerden daha hızlı mı gelişiyor?

Mutlaka değil, diyor Rambaut. Araştırmacılar SARS-CoV-2’de inanılmaz miktarda çeşitlilik buluyorlar, ancak aynı zamanda bu virüsü erken bir oranda diziliyorlar. Ocak 2020’den bu yana popüler GISAID veri platformuna rekor düzeyde 11 milyon SARS-CoV-2 genomu yüklendi. Buna karşılık, araştırmacılar Mayıs 2008’den bu yana GISAID’in EpiFlu veritabanına yaklaşık 1,6 milyon grip virüsü sekansı yükledi.

Yine de Rambaut, SARS-CoV-2’nin nasıl evrimleştiğine dair birçok sorunun devam ettiğini, çünkü dünyanın bazı bölgelerinde sıralama neredeyse yok ve şiddetli salgınlara sahip bazı ülkeler genomik sürveyansı azaltıyor.

Omicron’un BA.4 gibi alt varyantları sonunda Yunanca isimler alabilir mi?

Evet, henüz gerçekleşmemiş olmasına rağmen. Bazı araştırmacılar, Omicron alt varyantlarının şu anda BA.4 ve BA.2.12.1 gibi dalgalanmaları körüklediğini, yüz gibi COVID-19 kontrol önlemlerine bakıldığında hükümetler ve halkla iletişime yardımcı olmak için daha basit isimleri hak ettiğini savunuyorlar. maskeler, istiyor. Ayrıca, BA.4 ve BA.2.12.1’den farklı olarak, medyada pek tartışılmayan Delta’nın alt varyantlarının, diğer Omicron alt varyantları ile daha önceki enfeksiyonların sağladığı bağışıklığın üstesinden gelebileceğine de dikkat çekiyorlar. Güney Afrika, Stellenbosch’taki Salgın Müdahale ve Yenilik Merkezi’nde biyoinformatikçi olan Houriiyah Tegally, bunun beklenmedik bir şey olduğunu söylüyor. “Herkes yalnızca yeni varyantların yeni dalgalara neden olacağını düşündü, ancak şimdi Omicron’un bunu yapabildiğini görüyoruz, belki de adlandırma sistemini uyarlamalıyız” diyor.

Ancak DSÖ şimdiye kadar bu fikre direniyor. WHO virologu Lorenzo Subissi, bağışıklıktan kaçınma kapasitesinin Omicron alt varyantları arasında çok farklı olmadığını söylüyor. Gelecekteki çalışmalar bir Omicron alt varyantının diğer Omicron çeşitlerinden daha şiddetli hastalığa neden olduğunu kanıtlarsa, ajansın değerlendirmesinin değişebileceğini de ekliyor. DSÖ’nün COVID-19 müdahalesinin teknik lideri Maria Van Kerkhove, ajansın ayrıca liderleri devam eden pandemiyi daha ciddiye almaya teşvik etme umuduyla bir Yunan ismi için teknik bir etiketin değiştirilmesini önermediğini de ekliyor. “Bu zaten korkutucu bir virüs, hala gereksiz yere çok sayıda insanı öldürüyor” diyor ve dünya liderlerinin şimdiden dikkat etmesi gerektiğini öne sürüyor.

Leave a Comment